La MGF se lleva a cabo utilizando cuchillos especiales, tijeras, cuchillas de afeitar o trozos de vidrio. En algunas ocasiones, se usan piedras muy afiladas, cortauñas e incluso la tapa de aluminio de una lata. Cuando la operación se efectúa a varias niñas a la vez, puede que se utilice siempre el mismo instrumento sin limpiarlo entre un procedimiento y otro.
La operación se realiza sin anestesia mientras la niña es sujetada por otras mujeres, y suele ser llevada a cabo por una mujer, generalmente muy respetada en la comunidad y de edad avanzada, designada especialmente para esta tarea. Esta mujer, con frecuencia, es también la partera tradicional. La duración del procedimiento es de unos 15 a 20 minutos, dependiendo de la habilidad de la escisora y de la resistencia que oponga la niña. Posteriormente, la herida se limpia utilizando desde alcohol o zumo de limón, hasta ceniza, mezclas de hierbas, aceite de coco o excrementos de animales.
La MGF es también practicada por profesionales en centros sanitarios con asepsia y anestesia, especialmente en Egipto, Sudán y Kenia.
La MGF se realiza tanto a niñas como a mujeres. La edad varía ampliamente dependiendo de los grupos étnicos y de la localización geográfica. En algunas etnias se practica a bebés de pocas semanas, pero lo más frecuente es que se realice a niñas entre los cinco y los catorce años, en muchas ocasiones ligado a un rito ceremonial de paso a la edad adulta. En otros casos, se practica antes del matrimonio (puede ser exigida por el futuro marido o por la futura suegra para ser aceptada como esposa), durante el embarazo e incluso durante el parto.
Debido a que la MGF está prohibida y penada por la ley en muchos países, se ha observado que cada vez se realiza a edades más tempranas con el fin de eludir tanto su detección como el recuerdo de ella en la niña. La disminución de la edad a la que se practica y el aumento de su medicalización han hecho que disminuya la importancia de los aspectos ceremoniales ligados a la misma.