La MGF es una manifestación de la desigualdad de género, basada en una serie de convicciones y percepciones muy arraigadas en estructuras sociales, económicas, políticas y, en ocasiones, religiosas.
Las causas que se aducen para realizar la operación son muy variadas pero podemos agruparlas en los siguientes apartados según la OMS:
En algunas comunidades, la MGF refuerza el sentimiento de las mujeres de pertenencia al grupo al realizarse como parte de un rito ceremonial de paso a la edad adulta. Además, la presión social para su práctica es intensa, siendo amenazadas con el rechazo y el aislamiento si no siguen la tradición ya que las sociedades que practican la MGF son patriarcales y patrilineales y el acceso de las mujeres a la tierra y a la seguridad se realiza por medio del matrimonio.
Algunos grupos étnicos atribuyen al clítoris el poder de herir al hombre e incluso matarlo. Otros piensan que el clítoris podría crecer tanto que llegaría a obstruir la entrada de la vagina y por lo tanto impedir la penetración masculina; o bien que al nacer el bebé taparía su nariz y le impediría respirar causando su muerte. Un buen número de etnias creen que el contacto del bebé con el clítoris al nacer causaría su muerte.
En algunas etnias se considera que los genitales externos femeninos son sucios y feos y que, por lo tanto, su eliminación hace a la mujer limpia y bella; otros piensan que si no se eliminan crecerían de forma indefinida; en otros casos, la MGF se asocia a la pureza espiritual
En algunas comunidades se cree que la MGF es necesaria para que la mujer sea espiritualmente pura y que por lo tanto esto es requerido por la religión.
Aunque ni la Biblia ni el Corán apoyan la práctica de la MGF, algunas comunidades religiosas islámicas creen firmemente que su religión lo exige
Con ella se favorecería la fertilidad y la salud de la mujer; activaría el vigor sexual del marido; evitaría las desviaciones sexuales, incluidos el adulterio y la prostitución; se protegería la vida del recién nacido; la MGF sería imprescindible para el mantenimiento de la virginidad; etc.
Aunque algunos de los países en los que se realiza la MGF prohíben su práctica , la convención social que la rodea es tan fuerte que, aún cuando individualmente una mujer o una familia estén en contra de realizársela a sus hijas, es muy posible que continúen haciéndolo para protegerlas y salvaguardar su estatus en la comunidad. Al mismo tiempo, el trámite de la MGF en los casos en que se realiza como parte de una ceremonia comunitaria, confiere a las niñas un sentimiento de pertenencia a la comunidad, de paso a la edad adulta y de orgullo. El no realizarla, de forma individual, puede conducir a la mujer no mutilada a la marginación social y al aislamiento. Por ello, es muy importante conocer los motivos que conducen a la práctica de la MGF en cada comunidad para trabajar sobre ellos y lograr así el abandono de la misma por un número significativo de familias de forma que ninguna niña sea perjudicada. La misma presión social que conduce a su realización puede ser la clave para su abandono.