El Protocolo sobre los Derechos de las Mujeres en África, instrumento de la Carta Africana de Derechos Humanos y de los Pueblos, aprobado en 2003 y en vigor desde noviembre de 2005, recomienda en su artículo 5 a todos los estados parte, la prohibición y condena de todas aquellas prácticas nefastas que afectan de forma negativa a los derechos humanos de las mujeres, explicitando la mutilación o escarificación genital femenina así como su medicalización o para-medicalización. Recomienda asimismo concienciar del problema a la sociedad por medio de la información, la educación formal e informal y otros programas; la protección de las mujeres que se encuentran en riesgo de ser sometidas a prácticas nefastas y procurar el soporte necesario a las víctimas (servicios de salud, soporte legal y judicial, consejo emocional y psicológico así como entrenamiento necesario para que puedan ser autosuficientes)
Los países que han ratificado el Protocolo hasta el 5 de enero de 2006 son Benin, Cabo Verde, Comores, Djibouti, Gambia, Lesoto, Libia, Malawi, Mali, Mauritania, Mozambique, Namibia, Nigeria, Ruanda, Senegal, Sudáfrica y Togo.